Скрипты являются мощным встроенным в Windows средством разработки и автоматизации.
У скриптов всегда открытый код - можно проверить на наличие шпионских модулей, можно самостоятельно изменить или доработать.
Скрипты могут выполняться в фоновом режиме, могут иметь оконный интерфейс. Есть пакеты программ, которые предоставляют доступ к своей объектной модели (например, Adobe Illustrator, MS Excel), что позволяет автоматизировать действия уже непосредственно внутри этих программ. Кроме того, такие программы, как MS Excel и Corel Draw, имеют внутри себя встроенные средства программирования, что также позволяет строить гибкие средства автоматизации.
За малым исключением скрипты - это полноценные программы. Которые всегда имеют открытый код. И которые не нужно устанавливать.
Файловый архив со строгой структурой и правилами наименования файлов можно проиндексировать одним скриптом, а в другом - организовать поиск по заданным критериям.
Требуется раскидать файлы по структуре год/месяц/день? Скрипт легко справится с этим.
Организация системы горячих папок с заданными действиями? Тоже легко.